Сергей Евгеньевич Яхонтов родился 13 декабря 1926 г. в Ленинграде. Как многие другие ленинградцы, во время войны он был в эвакуации. Выехал с родителями в Йошкар-Олу, закончил там среднюю школу, затем работал учеником слесаря, год отучился в Казанском авиационном институте. По возвращении в родной Ленинград стал студентом (1945–1950) и затем аспирантом (1950–1953) восточного факультета Ленинградского (Санкт-Петербургского) университета, посещал лекции великих отечественных синологов В. М. Алексеева и А. А. Драгунова. В аспирантуре Сергей Евгеньевич начал преподавать и всю жизнь преподавал на своей родной кафедре китайской филологии, основанной на Восточном факультете  Санкт-Петербургского университета в 1855 г. и носившей разные названия на протяжении своей долгой истории. Еще студентом Сергей Евгеньевич побывал на практике у дунган в Киргизии. В 1962–1963 гг. он был направлен в Пекинский университет, в 1971–1972 гг. – в Наньянский университет в Сингапуре, в 1992 г. читал лекции и преподавал в Университете Осло, в разное время участвовал в международных конференциях в Европе и Азии. В 1954 году С. Е. Яхонтов защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата филологических наук, впоследствии опубликовал десятки статей и ряд монографий по языкознанию. Труды С. Е. Яхонтова по теории и истории китайского языка, по типологии языков мира опубликованы не только в нашей стране, но и за ее пределами – в переводе на китайский, вьетнамский, японский и западноевропейские языки. Среди учеников и последователей Сергея Евгеньевича в науке – известные лингвисты И. Т. Зограф, И. С. Гуревич, К. Б. Кепинг и целый ряд других ученых, трудившихся и трудящихся в СПбГУ и ведущих научных центрах России и Европы.