Изучение истории Туркестана и Центральной Азии в Санкт-Петербурге началось в первой трети XIX в. Это стало возможным благодаря богатым коллекциям восточных рукописей и монет, собранным на факультете восточных языков Санкт-Петербургского Императорского Университета и в Азиатском музее Академии наук. Среди пионеров изучения Средней Азии были такие выдающиеся ориенталисты, как Х. Д. Френ (1782–1851), П. Савельев (1814–1859), Б. Дорн (1805–1881), В. В. Григорьев (1816–1881) и В. Вельяминов-Зернов (1830–1904).

Во второй половине XIX в. интерес к Средней Азии и Туркестану значительно возрос в связи с колониальной экспансией России и включением региона в состав империи. Расцвет этого направления отечественного востоковедения связан с именем академика В. В. Бартольда (1869–1930), чьи многочисленные труды, охватывающие почти все области центрально-азиатских (среднеазиатских) исследований, сформировали петербургскую школу туркестанистики и являются доказательством ее неразрывной связи с иранистикой и тюркологией.

Кавказское направление на Восточном факультете активно развивалось с середины XIX в., прежде всего благодаря стараниям выдающегося востоковеда М.-Дж. Топчубашева и декана факультета В 1855–1861 гг., члена-корреспондента Академии наук Мирзы Казембека. В дальнейшем, на рубеже XIX и XX веков, оно было представлено филологическими программами. Были открыты азербайджанское, грузинское и армянское отделения. Наиболее выдающимся представителем кавказоведения в этот период был академик Н. Я. Марр (1864–1934). В дальнейшем весомый вклад в данную отрасль востоковедения внес академик И. А. Орбели (1887–1961), который в 1955 г. возглавил Кафедру истории Ближнего Востока.

В последующие годы изучение Центральной Азии и Кавказа в Петербургском (Ленинградском) университете было практически прекращено. Основные учебные программы и курсы стали преподаваться в университетах союзных республик Средней Азии и Закавказья. Что касается петербургско-ленинградской научной школы, то в последние десятилетия существования СССР среднеазиатские исследования (часто достигавшие выдающихся результатов) были сосредоточены на археологии (В. Массон, А. Мандельштам, Б. Маршак, Евгений и Тамара Зеймаль) этнографии (Н. Кисляков, А. Розенфельд, В. Курылев) и лингвистике (В. Лившиц, И. Стеблин-Каменский), тогда как изучение средневековой, новой и новейшей истории считалось прерогативой национальных республик. 

В условиях новой геополитической реальности, возникшей в связи с распадом СССР и появлением независимых государств в Центральной Азии и на Южном Кавказе, в России возникла потребность в подготовке высококвалифицированных экспертов по Центральной Азии и Кавказу. Поэтому в 1996 г. изучение Центральной Азии и Кавказа в Санкт-Петербургском университете было возобновлено. Процесс восстановления бартольдовских исследовательских и преподавательских методов, базирующихся на глубоком знании классических восточных языков и истории региона, происходит параллельно процессу изменений в историографии новых независимых государств Центральной Азии и Кавказа, где восстановлению и переоценке подвергаются национальные ценности, культуры и традиции.

В настоящее время на кафедре Центральной Азии и Кавказа, наряду с курсом всемирной истории и другими общефакультетскими дисциплинами по специальности историк-востоковед, читаются курсы по истории, географии, этнографии, культуре и литературе, религии, современному политическому и экономическому положению стран Центральной Азии и Кавказа. Основной упор делается на изучение истории, однако география и этнография рассматриваются как важные базовые дисциплины, без которых понимание истории невозможно. Построение курсов основано на представлении о том, что Центральная Азия, как и Кавказ, — это цельные регионы с общей историей, причем тесно связанные с соседними цивилизациями (Передняя Азия, Россия, Китай).

Таким образом, кафедра предпочитает региональный подход рассмотрению отдельно взятых местных «историй». Следуя этому подходу, восходящему к идеям академика Бартольда о фундаментальной востоковедной подготовке историка-среднеазиатоведа, студенты отделения истории Центральной Азии изучают, прежде всего, классические языки мусульманского Востока, т.е. персидский, турецкий и арабский (в разных комбинациях, причем обязательным является изучение двух из этих языков), и получают широкие знания по истории региона. Под руководством преподавателей студенты знакомятся с важнейшими письменными источниками по истории Центральной Азии, Кавказа и Ирана и учатся читать и понимать средневековые восточные тексты. В дополнение к базовым историческим курсам, преподаватели кафедры предлагают студентам разнообразные специальные курсы и семинары. В связи с повышенным интересом студентов к новейшей истории и современному положению в Центральной Азии и на Кавказе постепенно вводится изучение дополнительных специальных курсов и восточных языков — таджикского, узбекского и казахского.

Для изучения Кавказа с позиции традиционного российского востоковедения следует иметь в виду, что, несмотря на этническую и конфессиональную разделенность, Кавказ вместе с тем являлся и является единым регионом, где в течение без малого полутора тысячелетий сосуществуют и активно воздействуют друг на друга два цивилизационных ареала, порожденных его положением на стыке между Азией и Европой.

Начиная с раннего средневековья, основными источниками для изучения истории и культуры Кавказа все более становятся материалы на арабском, персидском и турецком языках. Для северной части ареала и Азербайджана эти материалы, помимо русских документов (начиная с XVII–XVIII вв.), имеют определяющее источниковедческое значение, а для Армении и Грузии они не менее важны, чем источники на языках этих стран.

Учитывая неразрывные связи истории Кавказа как с историей Ближнего и Среднего Востока, так и с историей Ближнего и Среднего Востока, так и с историей России и специфику кавказоведческих исследований, ее ориентированность на мусульманский мир, подготовка студентов-кавказоведов базируется на изучении одного из трех классических литературных мусульманских языков, — арабского, или персидского, или османско-турецкого, — а также азербайджанского, армянского и грузинского языков; набор групп студентов будет производиться со специализацией «история Кавказа», «История Кавказа (Азербайджан)», «История Кавказа (Армения и Грузия)» с преподаванием соответствующих отделению языков, дисциплин и спецкурсов.