Кафедра монголоведения и тибетологии является одной из старейших на Восточном факультете Санкт-Петербургского университета. Она была основана еще в Казанском университете в 1833 году. Ee пepвым заведующим стал выдающийся востоковед, член-корреспондент Петербургской академии наук О. М. Ковалевский (1800/01−1878). После открытия Восточного факультета в Санкт-Петербургском университете в 1855 г., кафедра монгольского и калмыцкого языка входила в монголо-калмыцко-маньчжурский разряд. Первым заведующим кафедрой стал А. В. Попов (1808−1865), ранее занимавший должность профессора кафедры калмыцкой словесности Казанского университета.

На кафедре работали такие выдающиеся монголоведы, как К. Ф. Голстунский, Г. Гомбоев, А. М. Позднеев, В. Л. Котвич, А. Д. Руднев, Б. Я. Владимирцов, Н. Н. Поппе, А. В. Бурдуков, К. М. Черемисов, Ц. Ж. Жамцарано, Б. Барадийн. Их многочисленные труды являются классикой отечественного и мирового монголоведения. Собранная ими в течение XIX — нач. XX веков коллекция рукописей и ксилографов на монгольском и тибетском языках является гордостью Восточного отдела Научной библиотеки СПбГУ им. М. Горького.

В период после Великой Отечественной войны на кафедре преподавали академик С. А. Козин, Т. А. Бурдукова, Д. А. Алексеев, Л. С. Пучковский, Б. И. Кузнецов, Л. К. Герасимович, З. К. Касьяненко, Е. А. Кузьменков. 

B 2008 гoду кaфедра монгольской филологии была преобразована в кафедру монголоведения и тибетологии.

В настоящее время на кафедре работают: К. В. Алексеев, H. H. Mocкалева, М. П. Петрова, M. О. Cмирнова, В. Л. Успенский.

Специалисты кафедры монголоведения и тибетологии пользуются заслуженным авторитетом в таких областях востоковедения, как средневековая и современная монгольская и тибетская литература, история и историография Монголии, литература тибетского буддизма, лингвистика. Многие известные современные монголоведы и тибетологи России, которые работают в Санкт-Петербурге, Москве, Калмыкии, Бурятии, Туве являются выпускниками кафедры.